تمام مخازن ماهی باید دارای فیلتراسیون بیولوژیکی باشند. فیلتراسیون بیولوژیکی ارزان ترین، کارآمدترین و پایدارترین راه برای تجزیه آمونیاک سمی است. فیلتراسیون مکانیکی ذراتی مانند برگ گیاه، غذای نخورده و غیره را به دام می اندازد و به آنها اجازه می دهد تا قبل از تجزیه به آمونیاک از مخزن خارج شوند.
یک ماهی بدون فیلتر حداکثر هفت روز و حداقل سه روز زندگی می کند. یک فیلتر به تمیز کردن آب بارها و بارها کمک می کند تا سموم موجود در آن ته نشین نشوند.